PPT2Flash Professionalでは、変換されたflashファイルの音声のサンプルレートとビットレートを調整することができます。
一括設定では、各設定に対応したパブリッシュができます。
カスタムでは、PowerPointファイル内部の全ての音声が、設定したサンプルレートおよびビットレートで処理されます。

サンプルレート: サンプルレートとは、ソフトが音声を採取する頻度です。
高いサンプルレートを選択すれば音質を向上できますが、
オリジナルの音声ファイルより高い数値にしても意味がありません。
音質は多くの要素に依存するもので、サンプルレートはあくまでその一つです。
高いサンプルレートが高い音質を保証するものではありません。

ビットレート: サンプルレートが同一ならば、高いビットレートは高い音質を意味しますが、ファイルサイズもより大きくなります。
音質かファイルサイズのどちらを重要視するかにより選択肢が決まります。
一般的には、当初のビットレートを維持することを推奨します。